Yeni performans bütçeleme sisteminde kamu kurumları, kendi programlarını oluşturmakta, bu programlara yönelik performansları belirlemekte daha sonra bütçe tekliflerini hazırlamaktadır. Yeni performans bütçe kamu kurumlarının faaliyetlerinin sonuçlarına bakar ve ona göre değerlendirir. yeni performans bütçe biçimi, program bütçe uygulamasında önemli sorunu yaratan, kamu örgüt yapısında değişiklik yapmayı gerektirmemektedir. Bir başka deyişle birkaç farklı kamu kurumundaki benzer programları birleştirmeyi amaçlamamaktadır.

Yeni performans bütçe sisteminin gelişip uygulanmasında bazı sorunlar da ortaya çıkabilir. Bunlar;

*Bu sistemle ilgili yeteri kadar deneyimin henüz sağlanamaması bunlardan ilki olarak gösterilebilir.

*İkinci olarak yeni performans bütçe sisteminin kurum odaklı olması ve kurumun faaliyetlerinin sonuçlarını değerlendirmeyi amaçlaması ulusal düzeyde sorun yaratabilir.

*Üçüncü olarak devletin yapmak zorunda olduğu hizmetlerin her zaman çok açık olmaması gibi bir sorun ortaya çıkabilir.

*Bir başka sorun, kamu kurumlarının amaçlan arasında özellikle yasama organı ve yürütme organı arasında bir görüş birliği olmadığı zaman ortaya çıkar.

*Bir başka sorun olarak kamu kurumlan performanslarını belirlerken kendi ölçebildikleri performansları dikkate alma eğiliminde olmaları söylenebilir.

*Bir başka sorun olarak sonuç odaklı performans bütçelemede kamu kurumlan, sorumlu tutuldukları ölçülere bazen çok az etki yapabilirler ki bu kurumun başarısızlığı olarak değerlendirilebilir.